Fransa'nın mandater devlet olarak Suriye'ye yerleşmesi kolay olmadı ve bir hayli uğraştı. Avrupa buhranlarının gidişatı karşısında Fransa, Suriye ve Lübnan ile ilişkilerini yeni bir düzene sokarak 1936 Eylülünde Suriye'ye ve 1936 Kasımında da Lübnan'a bağımsızlık verdi. Ancak Suriye'ye bağımsızlık veren ve Suriye ile Fransa arasında ittifak kuran 1936 Eylül Antlaşması'nda İskenderun Sancağı hakkında hiçbir hüküm yoktu. Yani Fransa Suriye'den çekilirken, Sancak üzerindeki yetkilerini Suriye'ye terketmekteydi.
Türk Hükümeti bu durumu kabul etmedi ve Milletler Cemiyeti Konseyi'nin toplantısı sırasında, Eylül ayında, Cenevre'de Fransa ile yapılan görüşmeler gelişme göstermeyince 9 Ekim 1936'da Fransa'ya verdiği resmi bir notada, Suriye'ye yapıldığı gibi, İskenderun Sancağı'na da bağımsızlık verilmesini istedi.
Atatürk de 1 Kasım günü Büyük Millet Meclisi'ni açış konuşmasında, "Bu sırada milletimizi gece-gündüz meşgul eden başlıca büyük mesele, hakiki sahibi öz Türk olan İskenderun, Antakya ve havalisinin mukadderatıdır. Bunun üzerinde, ciddiyet ve katiyetle durmaya mecburuz" diyordu.
Fransız Hükümeti 10 Kasımda verdiği cevapta, Sancak'a bağımsızlık vermenin Suriye'yi parçalamak demek olacağını ve mandater devlet olarak da buna yetkisi bulunmadığını bildirdi. Bundan sonra iki hükümet birbirilerine birer nota daha verdi ancak görüşlerde herhangi bir değişme olmadı.
Bu arada Fransa, meselenin Milletler Cemiyeti'ne havalesini teklif etti ve Türkiye de bu teklifi kabul etti. Türkiye ile Fransa arasında bu tartışmalar olurken, bir yandan Türk kamuoyu, öte yandan da İskenderun'daki halk heyecanlanmış ve İskenderun'da halk ile polis arasında çatışmalar olmuştu.
Atatürk, Ocak 1937'de Konya'ya ve oradan da Ulukışla'ya kadar bir seyahat yaptı. Ankara'ya döndüğü zaman kabinenin toplantısına başkanlık etti. Türk-Fransız ilişkileri gergin bir safhaya girmişti. Milletler Cemiyeti meseleye 14 Aralık 1936'dan itibaren el koydu ve yapılan tartışmalardan sonra ve özellikle İngiltere'nin de arabuluculuğu ile Konsey, 27 Ocak 1937'de Sancak için bir statü kabul etti. Bu statüye göre İskenderun Sancağı, içişlerinde tamamen bağımsız, dışişlerinde Suriye'ye bağlı, kendine özgü bir anayasa ile idare edilen "ayrı bir varlık" (entité distincte) olacaktı. Burası Milletler Cemiyeti'nin gözetimi altına konacak ve bu gözetim bir Fransız vasıtasıyla yürütülecekti. Fransa ile Türkiye bir anlaşma yaparak, Sancak'ın toprak bütünlüğünü birlikte garanti altına alacaklardı. Bundan sonra Sancak, Hatay adını alacaktır.
Milletler Cemiyeti, Hatay için bir anayasa hazırlamak üzere bir de komisyon kurmuştu. Bu komisyonun, Türkiye ile Fransa'nın da görüşlerini alarak hazırladığı anayasa, Milletler Cemiyeti Konseyi tarafından 29 Mayıs 1937'de kabul edildi. Aynı gün, Türkiye ile Fransa arasında da, Hatay'ın toprak bütünlüğünü ortak garanti altına alan anlaşma imzalandı.
Ancak bu anayasa ve anlaşmaları bağımsız Hatay'da uygulamak kolay olmadı. Hatay'daki Fransız temsilcisi, bunların uygulanmasını köstekleyici tedbirler alma yoluna gitti. Bağımsızlık dolayısıyla halk, gösterilerde bulunmak isteyince Fransa'nın sömürge memurları bunu da önlemek istediler ve polisle halk arasında yeniden çartışmalar oldu.
Öte yandan Fransızlar, Hatay'daki diğer azınlıkları Türklere karşı da kışkırtma yoluna gittiler. Türk kamuoyu yine galeyana geldi. Türkiye'de Fransa aleyhine kuvvetli bir eğilim belirdi ve Türk-Fransız ilişkileri yine bozuldu. Suriye halkı da Hatay'a bağımsızlık verilmesinden ötürü hükümeti eleştirdi ve Suriye'nin bazı şehirlerinde hükümet aleyhine gösteriler yapıldı.
Hatay Anayasası, 29 Kasım 1937'de yürürlüğe girecekti ve ilk iş olarak seçimlerin yapılması gerekiyordu. Ancak bu şartlar içinde seçimler yapılamadı. Diğer yandan seçim sistemi meselesinde Türkiye ile Fransa arasında görüş ayrılığı çıktı. Bunun üzerine Milletler Cemiyeti'nin kurduğu bir komite, Türkiye'nin de itirazlarını göz önünde tutarak bir seçim tüzüğü hazırladı ve seçimlerin 15 Temmuz 1938'e kadar tamamlanmasına karar verdi.
1938 Mayısı başından itibaren seçmen listelerinin hazırlanmasına başlandı. Ancak Fransız memurlarının davranışı, Hatay'da olayların yeniden şiddetlenmesine sebep oldu. Türkiye, Hatay sınırlarına 30,000 kişilik bir kuvvet gönderdi. Gerek bu durum karşısında, gerek Avrupa olaylarının gittikçe buhranlı bir hal alması dolayısıyla, Fransa, Hatay meselesinde Türkiye'ye karşı daha yumuşak bir tutum almayı tercih etti ve Hatay'ın Fransız valisini geri çekip yerine bir Türk vali tayin etti. Bunun üzerine durum biraz sakinleşti.
Almanya'nın 1938 Martında Avusturya'yı ilhakı, Fransa'nın Hatay meselesindeki politikasını da etkilemiştir. Berlin-Roma Mihverinin ağırlığını gittikçe artırmaya başladığı bir sırada, Fransa'nın Doğu Akdeniz'de stratejik önemi olan ve Boğazların kuvvetli bir bekçisi durumunda olan Türkiye'ye olan ihtiyacı da artmıştı. Bu sebeplerdir ki, 1938 yazından itibaren Hatay meselesindeki tutumunu da değiştirmiş ve gelişmeler Türkiye lehine bir yön göstermiştir.
13 Haziranda Antakya'da Türk ve Fransız askeri heyetleri arasında yapılan görüşmeler sonunda 3 Temmuz 1938'de imzalanan bir anlaşma ile, Hatay'ın toprak bütünlüğü ile siyasal statüsünün iki devlet tarafından korunması ve bu amaçla da her iki devletin de Hatay'a 2,500'er kişilik askeri kuvvet göndermesi esası kabul edilmiştir. Türk askeri 4 Temmuzdan itibaren Hatay'daki görevine başlamıştır.
Önce Paris'te başlayıp Ankara'da devam eden görüşmeler sonunda da, 4 Temmuz 1937'de Türkiye ile Fransa arasında bir dostluk anlaşması imzalanmıştır. Bu antlaşmaya göre taraflar, birbirleri aleyhine olan hiçbir politik veya ekonomik anlaşmaya ve birbirlerine yönelen herhangi bir harekete katılmayacaklar ve taraflardan biri, bir veya birkaç devlet tarafından saldırıya uğrarsa, diğeri, saldırganlara hiçbir şekilde yardım etmeyecekti.
Bu Türk-Fransız yakınlaşmasından sonra Ağustos ayında yapılan meclis seçimlerinde Türkler, 40 milletvekilliğinden 22'sini ka-zandılar. Meclis, 2 Eylül 1938'de ilk toplantısını yaptı ve bağımsız devlet için Hatay Cumhuriyeti adını kabul etti. Yeni devletin resmi dili Türkçe ve Arapça olduğu halde, bütün milletvekilleri Türkçe yemin etmişlerdir.
Hatay Devleti'yle Türkiye arasında gayet yakın temas ve bağlar kuruldu. Hatay Meclisi, 1939 Ocak ayında Türk Medeni Kanunu ile Türk Ceza Kanunu'nu kabul etti. Türkiye'den mali müşavirler getirtti.
Bunun yanında, Hatay idarecileri, devamlı olarak Türkiye'ye katılmak arzusunda bulundular. Türkiye de bu isteği sempati ile karşıladı. Fakat, 29 Mayıs 1937 Antlaşması ile Hatay, Türkiye ile Fransa'nın ortak garantisi altında bulunuyordu. Bu sebeple, Hataylıların anavatana katılma istekleri iki devlet arasında yeniden mesele oldu. Fakat 1939 Martından itibaren Avrupa'da yaşanan olayların savaşa doğru bir yön olması, Türk-İngiliz ittifakının ilk adımlarının atılması ve Batılıların Barış Cephesi çabaları dolayısıyla, Fransa, Türkiye'nin ve Hataylıların isteklerini kabul etmek zorunda kaldı.
23 Haziran 1939'da iki devlet arasında yapılan bir anlaşma ile Fransa, Hatay'ın Türkiye'ye katılmasını kabul etti. Buna karşılık Türkiye de Suriye'nin bağımsızlık ve toprak bütünlüğüne saygı gösterecekti. Temmuz ayında da Hatay, Türkiye sınırları içine katıldı.
