Cebesoy'un Beyrut'ta başlayan kıta hizmetleri, 1908'deki Roma Askeri Ateşeliği dışında, çok hareketli geçti. Trablus'ta savaş başlar başlamaz (1911) oraya ilk gidenler arasındaydı. Balkan Savaşı sırasında Karadağ'da, Yanya Kalesi'nde, Pista ve Pisani Savaşlarında, 1. Dünya Savaşı'nın başında tümen komutanı olarak katıldığı Kanal Hareketi'nde, büyük başarılar gösterdi.
İstanbul Hükümeti'nin İçişleri Bakanı, Mustafa Kemal'in görevsizliğini bir genelgeyle açıklayınca, Ali Fuat Paşa da kendi bölgesindeki valilere ve mutasarrıflara kendisinden gelecek emirlere göre hareket edilmesini bildirdi (1919). Ayrıca, her tarafta Müdafaa-i Hukuk ve Reddi İlhak Cemiyetlerinin kurulacağını ilgililere hatırlattı. Bu çabaları takdirle karşılandığı için, Sivas Kongresi sonrasında Cebesoy, Umum Kuvay-ı Milliye Komutanı olarak görevlendirildi.
Kendisini çekemeyenlerce Çerkes Ethem taraftarlığıyla suçlandı. Doğru olmadığı sonradan belgelerle ortaya konan bu suçlama üzerine, ayaklanmaların bastırılmasından sonra, Ankara'ya çağrılarak Moskova Büyükelçiliği'ne atandı. Mustafa Kemal'in talimatını yerine getirmekle yükümlü olduğu bu zor görevi başarıyla yürüttü ve 10 Mayıs 1921'de Ankara'ya dönerek Meclis'te siyasi çalışmalarına başladı.
Müdafaa-i Hukuk Cemiyeti Başkanlığı'nı yaptı. 1925'te Terakkiperver Cumhuriyet Fırkası'nın kurucuları arasında yer aldı. Ertesi yıl (1926) İzmir Suikasti dolayısıyla Ali Fuat Paşa da tutuklandı, yargılandı ve beraat etti.
Cebesoy'un ikinci dönem siyasi hayatı, İnönü'nün cumhurbaşkanlığı yıllarında başladı. Milletvekili olarak tekrar Meclis'e girdikten sonra Bayındırlık Bakanlığı (1939-1943) ve bir ara TBMM Başkanlığı da (1947-1950) yaptı. 1968 yılında öldü
