Öteden beri süregelen Zerdüştçü ve Mazdeist kurum ve gelenekler de bir anda sökülüp atılamamıştı. Hıristiyanlığın tüm kültürel, sosyal ve politik gerekleriyle birden kabul edilmesinden sonra, Ermenilerin Batı'ya yönelmeleri kaçınılmaz olmuştu. Hıristiyan inancının korunması için eski inançlar zamanla Batılı bir yaklaşıma dönüştürülmüştü. Bu düzeni sürdürmek için Ermenistan'ın güçlü Hıristiyan komşuları sık sık Ermeni Kilisesinin yaşam alanına müdahale etmişler, dogmatik çekişmelerde çeşitli gerekçelerle kendileri için elverişli olan çözümleri sağlamak için baskı uygulamışlardı.
Bu gelişmelere rağmen, Ermeniler arasında artan Hıristiyan etki dalgasını dengelemek üzere politik ve dinsel akımlar ortaya çıkmıştı. Bir akım, pagan inançlarının yeniden canlanması için harekete geçerken, bir diğeri, Hıristiyanlığı denetimi altına almak isteyerek, Hıristiyan inançlarının en koyu bir biçimde savunmasını yüklenmişti.
Ermeni Kilisesi'nin başlangıç tarihi, çok sayıda dinsel akımla birlikte, ruhban sınıfı karşıtı çekişmeler ve aralarındaki ilişkilerin belirlenmesi çok zor olan tarikatlar karmaşasını içerir. Bu tarikatların eğilimleri ya Hıristiyanlığın ahlak öğretisini aşan, çarpıtan ve bu öğretiye karşı duran, ya da kilise uygulamalarından daha fazla bir tutuculuğu içeren aşırılıklara yönelmekteydi.
Maniciler, Messalianlar, Montanistler, Tondraklar, Borboritler ve Paflikyanlar gibi çeşitli tarikatlar Ermenistan'da verimli bir ortam bulmuşlardı. Helenizm ve Gnosis Hıristiyanlık, Kudüs'ün M.S. 70 yılında yıkılmasından sonra kendini Yahudi etki alanından kurtarmış olarak, ancak çevresindeki Helenizm'in inanç ve düşünceleriyle çelişki içinde bulmuştu. Bu yeni olgu, Hıristiyan inancını bozabilecek tehditler içeriyordu.
İlk yılların Hıristiyan Kilisesinin ilk girişimi, kendini Helenizm ruhuna kolayca teslim etmemek için çabalamak oldu. Hıristiyanlık, Yahudi kalıbında kalsaydı yayılamayacaktı. Kolaylıkla Helen kültürünü benimsemiş olsaydı, yine günümüzdeki durumundan çok farklı bir konumda olacaktı. Gerçekleşen gelişim, erken Hıristiyan inancıyla Helenizm arasında beliren bir sentezdir. Helen dünyasında oldukça yaygın olan Gnostisizm, M.S. 80 ile 150 yılları arasında Hıristiyanlığın gizemci uygulamaları için kullanılmış bir ad olup, aslında Hıristiyan Kilisesinin en korkulacak rakibi durumundaydı.
Gnostik akımın yandaşları, Kilise'nin basit inancını hiçe sayan gizli bir bilginin (Gnosis) sahibi oldukları savıyla ortalıktaydılar. Yeni-Platonculuk'tan, Helenleşmiş Zerdüşt inancından ve Yahudilik'ten aktarılmış sistematik bir öğreti durumuna ulaşan Gnostisizm, bir tür kozmolojik yaklaşım ortaya koymuştu. Bu yaklaşım, tinsel unsurların maddenin tutsaklığından zamanla kurtulması görüşünü içeriyordu. Bu düşünce, Basilides ve Valentinus'un kurduğu Gnostik gruplarda, İsa'nın insan biçiminde belirmesini reddetmeye kadar vardırılmıştı.
Gnostisizm, Ermeni tarikatları üzerinde de önemli bir etkiye sahip olmuştu. Örneğin Messalianlar, Gnostisizmin etkisinde kalmış bir dilenci tarikatıydı. Önerdikleri köktenci inanç biçimi, dünyadan tümüyle koparak, insanın kurtuluşu sorunun çözümleneceği yolundaydı. Messalianizm, tam anlamıyla bu dünyaya ait her türlü çalışma ve etkinlik biçimlerinin inkarına dayanan bir dinsel akımdı.
Paflikyanlar, Manicilikten türemiş düalist sapkın bir Ermeni tarikatıdır Paflikyanlar. Paflikyan (Pavlikyan, Bavlikyan) ya da "Paulician" adının kökeni karanlıktır. Gibbon, bu adın "Aziz Pavlus'un öğrencileri" anlamına geldiğini belirtir. Paflikyanların bu havari iç in besledikleri özel ilgi ve tüm Paflikyan önderlerinin Aziz Pavlus'ün öğrencilerinden birinin adını almaları bu görüşü desteklemektedir. Ancak, Paflikyanların düşmanları tarafından kullanılan biçimi ile "Paulikianoi" adı oldukça ilginçtir ve bu terimin "Samsat'lı Pavlus'un izleyicileri" anlamına geldiği ileri sürülmüştür. Oysa Samsat'lı Pavlus'un öğretisi ile Paflikyanların hiçbir bağlantısı yoktur.
Photius'un aktardıklarına göre ise, Samsatlı Kallinice adlı Manici bir kadın Pavlus ve Yohan adlı iki oğlunu bu öğretiyi yaymak üzere Ermenistan'a göndermiştir ve Paflikyanların adı işte bu Pavlus'tan gelmektedir. Ancak, bunun sadece bir öykü olduğu ve bu kişilerin gerçekten var olmadıkları tarihçiler tarafından ileri sürülmüştür. Konunun uzmanlarından Ter-Mkrttschian, Paulician adının Ermenice'de "küçük Pavlus'un izleyicileri" anlamına geldiğini belirtmekte, ancak bu küçük Pavlus'un kim olduğu konusuna bir açıklık getirememektedir.
Paflikyan adı ilk kez, 719 yılında Ermeni Kilisesinin Duin Sinod'unda kullanılmış ve bu Sinod'da "hiç kimse Paflikyan denilen kötü sapkınların evini ziyaret etmeyecek" biçiminde bir kural konulmuştur. Paflikyanların Tarihi Kendi adını Silvanus olarak değiştiren Mananali'li Constantine, Colonia yakınlarındaki Kibossa'da ilk Paflikyan topluluğunu bir araya getiren kişidir. Öğretisini yaymaya 657 yılında başlamıştır. Kendisi kitap yazmadığı gibi, tüm öğrencilerinin sadece İncil'i esas almalarını istemiştir.
Constantine'den sonra Paflikyanların önderliğini Symeon-Titus üstlenmiştir. Aslında Bizans tarafından Paflikyanları yok etme görevi ile gönderilen Symeon, Constantine'i 684 yılında öldürdükten sonra inancını değiştirmiş ve Paflikyanlara katılmıştır. Ne var ki, 690 yılında Symeon-Titus da, Bizans görevlileri tarafından öldürülmüştür. Bundan sonra ciddi bir bocalama dönemi geçiren tarikat, 715 yılında Pavlus adlı bir kişinin önderliğinde Phanaroea yakınlarındaki Episparis'te yeniden toparlanmıştır. Akımın adının bu Pavlus'tan kaynaklandığı da ileri sürülmektedir.
Pavlus ölünce iki oğlu, Gegnesius-Timothy ile Theodore, önderlik için kavgaya tutuşmuşlar ve Gegnesius, 717 yılında İstanbul'a giderek imparator III. Leo ve patrik I.Germanius'u kendisinin bir Ortodoks olduğuna inandırmış, bir imparatorluk birliği ile Mananali'ye geri dönerek Theodore'u yenilgiye uğratmıştır.
Paflikyanların başına geçen Gegnesius bir süre sonra ölmüş, bu kez de onun iki oğlu, Zachary ve Joseph-Epaphroditius arasında kavga çıkmıştır. Kısa zaman sonra Zachary ve izleyenleri Müslüman orduları tarafından yok edilince, tüm Paflikyanlar yine Joseph'in önderliğinde birleşmişlerdir. Joseph, tüm Anadolu'da Paflikyan toplulukları oluşturmayı başarmıştır. Ne var ki, Joseph'ten sonra başa geçen Vahan zamanında tarikat hem sayıca ve hem de etki olarak gerilemiştir.
Bu dönemde ortaya çıkan Sergius-Tychius adlı bir kişi, Vahan'dan ayrılarak, Paflikyan tarikatını güçlendirmek ve reforme etmek için harekete geçmiştir. Paflikyanlar, "Vahanitler" ve "Sergitler" olmak üzere ikiye bölünmüştür. Sergitler, kısa süre içinde başarılı olmuşlar ve rakiplerini neredeyse tümüyle ortadan kaldırmışlardır. Bu dönemde Paflikyanlar, Bizans İmparatorluğu'nun bazen baskısı, bazen de koruması altında kalmaktaydılar.
IV. Constantine ve II. Justinian, Paflikyanlara şiddetli bir baskı uygulamıştı. III. Leo ve onu izleyen "İkona Kırıcı" (Iconoclast) imparatorlar ise, genellikle Paflikyanlara sempati beslemişlerdir. I. Nicephorus, Paflikyanları Phrygia ve Lycaonia yörelerinde asker olarak kullanmak istemiştir.
I. Michael, yeniden Paflikyanlara karşı şiddet uygulamasına başlamış, özellikle V. Leo, kendisinin de bir Paflikyan olduğu iddialarını yalanlamak amacıyla, müthiş bir Paflikyan avına çıkmıştır. Bu dönemde bir çok Paflikyan, Bizans'tan kaçarak Müslümanlara sığınmıştır. Sergius 835 yılında öldürülmüştür.
İmparatoriçe Theodora zamanında da baskı sürmüş, Karbeas yönetiminde isyan eden Paflikyanlar kitle halinde Müslüman topraklarına göç etmişlerdir. Artık Bizans'ın kanlı düşmanı durumuna gelen Paflikyanlar, Müslümanlar tarafından desteklenmişlerdir. Tephrike'de (Divriği) bir kale kuran Paflikyanlar, sürekli olarak Bizans topraklarını yağmalamışlar, giderek etkilerini arttırarak politik bir güç durumuna yükselmişlerdir.
İmparator I. Basil zamanında, Paflikyan ordusu Anadolu'yu boydan boya geçerek Efes'e kadar gelmiş, İzmit'i işgal ederek neredeyse İstanbul'un karşı kıyılarına kadar ulaşmıştır. Ancak sonunda yenilgiden kurtulamamışlar ve 871 yılında Tephrike kalesi yerle bir edilmiştir. Bu durum tarikatın askeri gücünü yok etmiştir. Paflikyanlar Anadolu'nun çeşitli yörelerine dağılmışlardır.
V. Constantine ve I. Johannes, Paflikyanları kitleler halinde Trakya'ya, özellikle Filibe kenti ve çevresine göçe zorlamışlar ve Slavlara karşı askeri güç olarak kullanmışlardır. Dokuzuncu ve Onuncu yüzyıllar süresince Bizans yönetimi ve Kilisesi, Anadolu ve Trakya'daki Paflikyanlar ile uğraşmış, onları Ortodoks inancına çekebilmek için sürekli çaba harcanmıştır.
Ermenistan'da Paflikyan hareketi, dokuzuncu yüzyılda Smbat adlı bir kişinin kurduğu "Tondrak" tarikatı biçiminde varlığını sürdürmüştür. Trakya'da ise zamanla yok olmuşlardır. Alexius Comnenus tarafından 1081 yılında Ortodoksluğa dönmeye ikna edildikleri ileri sürülmüştür. Onuncu yüzyıldan sonra, tarih sahnesinden çekilmişlerdir. Ancak, öğretilerinin izleri bir çok yerde görülmüştür. Bulgaristan'daki Bogomil tarikatı Paflikyanların devamıdır.
Bogomiller, Ortaçağ boyunca Batı'ya doğru öğretilerini yaymışlar, Katharlar (Albililer) ve diğer Manici akımları etkilemişlerdir. Ermenistan'da da Paflikyanlardan türeyen benzer tarikatların günümüze kadar varlıklarını sürdürdükleri kabul edilmektedir. yüzyıllar sonra, 1717 yılında Lady Mary Wortley Montagu, İstanbul'a gelirken Filibe'de durakladığında, aynen şunları yazıyor: "Filibe'de kendilerine Paulin adını veren bir tarikat buldum. Bunlar eski bir kiliseyi göstererek Aziz Pavlus'un burada vaaz verdiğini söylüyorlar.
Pavlus, bunların en makbul azizleridir..."Paflikyanların Öğretisi Paflikyan öğretisinin temel görüşü, maddi dünyayı yaratan ve yöneten Tanrı ile tapılması gereken, ruhları yaratan göklerin Tanrısı arasındaki ayrımdır. Paflikyanlara göre tüm maddi varlıklar kötüdür. Bu yaklaşım Paflikyanların, Manicilikten etkilenen akımlardan biri olarak kabul edilmeleri gerektiğini ortaya koyar. Ancak, Paflikyan öğretisinde güçlü bir "Marcionist" etki de vardır. Eski Ahit'i kabul etmezler, İsa'nın yeniden doğacağına inanmazlar; Paflikyanlara göre İsa Tanrı'nın dünyaya gönderdiği bir melektir ve gerçek annesi göklerdeki Kudüs'tür; İsa'nın tüm eseri yaydığı öğretisidir; İsa'ya inanmak insanı son yargıdan kurtarır; gerçek vaftiz İsa'nın sözlerini duymakla olur.
Paflikyanlar haça değer vermezler, yalnızca İncil'in bir kısmına inanırlar; İsa'yı reddettiği için Aziz Petrus'un mektuplarını dikkate almazlar; yalnızca Luka İncili ve Pavlus'un mektuplarına değer verirler. Tüm resim ve heykellere karşıdırlar. Maddi dünyaya ait herşeyin sadece simgesel bir değeri vardır. Bu bakımdan, Paflikyanlar Kiliseyi de, Kilisenin geleneklerini, dogmalarını, kurumlarını, ruhban sınıfını da reddemişlerdi. Onlara göre, herkes kutsal metinleri okuyup yorumlama hakkına sahiptir.
Paflikyanlar kendilerini kabul ettirmek için çok şiddetli bir misyoner etkinliği göstermişlerdi. Ayrıca korku duyulan savaşçılar olup, bu nitelik kuşkusuz bulundukları bölgenin coğrafyasından kaynaklanıyordu. Zira Paflikyanlar, dinleri ve uygarlıkları ayıran bir sınır üzerinde yer alıyorlardı. Akımın bu militan görünümü, toplumsal alanda da radikal bir ideoloji ile koşuttu. Yeryüzünde tüm tinsel yetkeyi reddetikleri için, dünyasal iktidar ve politik hakların varlık nedenini de inkar ediyorlardı. Böylece, dinsel düzeydeki eşitlikçiliğe, toplumsal düzeyde de bir eşitlikçi anarşizm eklenmekteydi.
Paflikyanlara göre, tüm Kilise hiyerarşisi kötüdür, aynı biçimde tüm ayinler ve kutsal eşyalar da reddedilmelidir. Örgütlenmelerinde en önde gelen kişiler, tarikatın farklı yörelerdeki kurucularıdır. Bu kurucu azizler, genellikle adlarını Aziz Pavlus'un öğrencilerinden alırlar ve onların yeniden dünyaya gelmiş ruhlarını taşıdıklarını ileri sürerler. Azizlerden sonra, bir konsil oluşturan "synechdemoi" (yoldaşlar) ile toplantılarda düzeni sağlayan "notarioi" gelir.
Toplantılarını kiliselerde değil, "proseuchai"nde (dua evleri) yaparlar. Baskı altındayken inançlarını saklamanın ve hatta reddetmenin doğru olduğuna inanırlar. Bu nedenle, dışardan Kiliseye bağlı bir görünüm sunarken, gizlice Paflikyan inançlarını sürdürebilmişlerdir. Ülküleri, tüm ırk ayrımlarını giderecek olan inananların tinsel birliğine ulaşmaktır.
Düşmanları Paflikyanları sürekli ahlaksızlıkla suçlamışlardır. Hatta dua evlerinde bile ahlaksız davranışlarda bulundukları ileri sürülmüştür. Kendilerinin "Hıristiyan" adından başka bir adla çağırılmalarından hiç hoşlanmazlar. Harnack'a göre Paflikyanlar, "Katolik ve Ortodoks Hıristiyanlığı reddeden, hiyerarşi karşıtı düalist Puritanlardır".
Gibbon'dan beri Paflikyanlar, ilk ve saf Hıristiyanlığı sürdürmeye çalışan, düşmanları tarafından baskı ve ıstırap altında yaşamak zorunda bıraktırılmış, İncil'e bağlı iyi insanlar olarak kabul edilmektedirler. Conybeare, Paflikyanları Adopsiyonistler'in devamı olarak nitelendirir. Adeney ise Paflikyanları "Protestanlıktan önceki Protestanlar" olarak değerlendirir.
