Son yıllarda siyasal düşünce ve devrim tarihi konularında yoğunlaşan Toktamış Ateş, "laiklik - demokrasi" tartışmalarında; aklın bilimin sesini de topluma duyurmakta öncülük eden bir bilim adamıdır. Tarihçi değil, iktisat kökenli bir "siyaset bilimci" olduğunu özellikle vurgulayan Ateş, günümüz Türkiyesinin siyasal yapısını irdelemekte, sorunlarına çözümler önermeye çalışmaktadır. Bu nedenle de "ayağını tarihsel temellerden" hiç kaldırmamıştır. Ülkemiz bugün; hem bilim bilgi üretenlerin, hem de bilim bilgi arayışı içinde olanların kılı kırk yarması gereken bir sürece girmiştir. Oysa, cumhuriyet dönemine olduğu kadar, Osmanlılara ilişkin yargılarda da bilime ve bilim adamlarına karşın, "Osmanlı İmparatorluğu laikti" gibi, boşlukta kalmaya mahkûm savlar öne sürülmektedir. Osmanlıların toplumsal yapısı; devlet anlayışı; din, eğitim, ekonomi gibi kurumları üstüne de yine "bilimi" göz ardı ederek herkes aklına estiği gibi konuşmaktadır.

Osmanlı Toplumunun Siyasal Yapısı adlı yapıtıyla Ateş, hepimizi bilgilendirmektedir.