Ergenekon davası kapsamında evi basılarak arama yapılan ve gözaltına alınan Nedim Şener, profesyonel gazeteciliğe 1992 yılında Dünya Gazetesi'nde başladı. 1994 yılında, Milliyet Gazetesi'nde göreve başlayan Şener, halen aynı gazetede görevine devam ediyor.
Şener'in bugüne kadar toplam sekiz kitabı yayınlandı. Gazetecilik örgütleri yanında sivil toplum kuruluşlarından da ödüller alan Şener, muhabirliğin yanında Posta gazetesinde "Soruşturuyorum" başlığıyla köşe yazıları kaleme aldı. Ayrıca Şener, iki yıldır Uğur Dündar yönettiği birlikte Arena programına katılıyor.
Şener, istihbaratçı polislerin başvurusu üzerine Dink Cinayeti ve İstihbarat Yalanları isimli kitap nedeniyle, 28 yıl hapis cezasıyla yargılanıyor.
GAZETECİLİK ÖDÜLLERİ
1998, 1999, 2000 Türkiye Gazeteciler Cemiyeti Yılın Ekonomi Muhabiri ödülleri.
1998 Metin Göktepe Gazetecilik Ödülü,
2002 Sedat Simavi Gazetecilik Ödülü.
2003 yılında Transparency Internatiional (TI)'nın Türkiye ofisi Toplumsal Saydamlık Hareketi Derneği (TSHD) tarafından "Uluslararası Dürüstlük Ödülü" Türkiye adayı seçildi.
2007 yılında Çağdaş Gazeteciler Cemiyeti Uğur Mumcu Araştırmacı Gazetecilik Ödülü kazandı.
2009 yılında da Türkiye Gazeteciler Cemiyeti "Basın Özgürlüğü" ödülüne layık görüldü.
2010 Yılında Abdi İpekçi Yılın Gazetecilik Ödülü
2010 yılında Dink Cinayeti ve İstihbarat Yalanları kitabı nedeniyle Türkiye Yayıncılar Birliği tarafından Düşünce ve İfade Özgürlüğü Ödülü verildı.