15 Mart 1917 günü Isparta İlinin Gelendost ilçesinin Yenice köyünde doğdu. Anası Eğirdir ilçesinden Receb kızı Sıdıka, babası Yenice köyden kadı Hacı Osman Efendi oğlu Ferhat'tır.
İlkokulun ilk üç sınıfını Yenice köyde, 4-5 sınıfları komşu köy Afşar'da okudu. Orta okulu Yalvaç ilçesinde bitirdi. 1933 de öğretmen okulları için açılan parasız yatılı sınavına girip kazanarak İzmir Erkek Öğretmen Okulu'na gitti. Burayı 1936 yılında bitirerek o yıl, lise bitirme ve olgunluk sınavlarını dışarıdan vererek Ankara'da açılan Dil ve Tarih-Coğrafya Fakültesinin Orta Çağlar Tarihi Bölümüne parasız yatılı öğrenci olarak girdi. 1940 da burayı bitirdiğinde kürsü Profesörü M. Fuad Köprülü kendisini asistan aldı; 16.12.1943 günü Doktora sınavını bitirdi. 1.5.1944 günü, 21. dönem yedek subay okulu uçaksavar topçu bölüğüne ayrıldı. Burada altı ay ders gördükten sonra kura ile atandığı Çanakkale altıncı Uçaksavar taburunda iki yıl daha, top. takım k., emir subayı, Harbî ayniyat muhasibi ve Bandırma'da irtibat subayı olarak görevde bulundu. 30.9.1946 günü teğmen olarak terhis edildi.
O sırada yürürlükte bulunan 4936 sayılı Üniversiteler yasasına göre, askere gidenlerin kadroları saklı tutulmadığından, askerden döndükten sonra bir süre açıkta kalmış, bir süre de A.Ü. Kitaplık uzmanlığı görevine 7.10.1948 günü de A.Ü. Hukuk Fakültesi Kitaplık Müdürlüğü'ne atanmıştır. 1949 yılında Ankara Üniversitesinde yeni bir Fakülte olarak kurulan İlahiyat Fakültesinin açtığı asistanlık sınavını kazanarak 16.1.1950 günü asistan, 10.5.1952 günü, A.Ü. îlâhiyat Fakültesi îslam Tarihi Doçenti, 31.10.1960 günü aynı dersin Profesörü olmuştur.
Prof. N. Çağatay, 1961-1973 yılları arasında üç kez îlâhiyat Fakültesi Dekanlığına seçildi. 1963 yılında A.Ü. Rektörü rahmetli Suut Kemal Yetkin'in misafir Profesör olarak Amerika'ya gitmesi üzerine uzun bir süre Ankara Üniversitesi Rektör vekilliği yaptı.
N. Çağatay,' 1750 sayılı Üniversiteler kanununun 46. maddesi uyarınca Konya Selçuk Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Tarih Profesörlüğüne atandı ve 1979 yılından 15.12.1981 gününe kadar bu Üniversitenin Rektörlük görevinde bulundu, 21 Aralık 1981 günü, Cumhurbaşkanımız Orgeneral Kenan Evren tarafından Yükseköğretim Kurulu üyeliğine seçildi, halen bu görevde bulunmaktadır. Prof. Çağatay, A.Ü. İlahiyat Fakültesindeki otuz yılı aşkın görev süresinde îslam Tarihi, îslam Mezhepleri Tarihi, îslam Sanatları Tarihi, Klasik dînî Türkçe Metinler, Türk îslam Edebiyatı ve îslam Hukuku Kürsüleri kürsü Profesörlüklerinde bulundu ve ders verdi.
Ayrıca 1968-1979 yılları arasında îlâhiyat Fakültesi "Türk ve îslam Sanatları Tarihi Enstitüsü"nün ve "İslam İlimleri Enstitüsü"nün müdürlüklerini yaptı.
1949-1981 yılları arasında A.Ü. îlâhiyat Fakültesinde, Erzurum Atatürk Üniversitesinde ve Konya Selçuk Üniversitesi Edebiyat ve Fen Fakültelerinde Devrim Tarihi derslerini okuttu.
N. Çağatay, Türk Tarih Kurumu, Türk Kooperatifçilik Kurumu ve Anadolu Kulübü üyesidir. Ayrıca, 1979 yılından beri (UNESCO) Türkiye Millî Komisyonu yönetim kurulu üyesi olup Aralık 1982 de iki yıl için bu göreve yeniden seçildi.
Prof. Çağatay, 1966-1967 ders yılında New York'taki Columbia Üniversitesi doktora sınıflarında misafir Profesör olarak ders verdi. 1972 yılı başlarında, Hindistan'ın Aligarh Üniversitesi tarafından davet edilip altı ay süre ile dersler verdi, seminerler yönetti.
1971 yılı Ekim ayında, îran şahlığının 2500. yıldönümü dolayısıyla yapılan büyük törenlere Şah tarafından davet edildi. 1963 de Strasbourg Üniversitesi Edebiyat Fakültesi tarafından iki hafta süre ile konferans vermek üzere davet edildi.
N. Çağatay, Münih, Paris, Hamburg, Londra, Budapeşte, Aix-en-Provence, Saraybosna (Sarajevo), Rhode Island, Bükreş, Ravvalpindi, Lahor, Dacca, Chitagong şehirlerinde türlü yıllarda toplanan uluslararası oriyantalistler, Türkoloji, islamoloji, tarih ve Türk sanatları kongrelerine tebliğlerle katıldı.
Studia îslamica, Turcica, Camiai milliye-i îslamiye (Yeni Delhi'de çıkar), Türk Tarih Kurumu Dergisi (Belleten), Vakıflar Dergisi, A.Ü. Hukuk Fakültesi Dergisi, A.Ü. îlâhiyat Fakültesi Dergisi, A.Ü. Dil ve Tarih-Coğrafya Fakültesi Dergisi, A.Ü. îlâhiyat Fakültesi Türk ve îslam Sanatları Ta. Enstitüsü, îslam Araştırmaları Enstitüsü ve yıllık araştırmalar dergisinde, Ankara Kooperatifçilik Kurumu Dergisinde, Konya Selçuk Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Dergisinde, Hindistan Kültür Dergisinde, Pakistan Postası Dergisinde, Atayol Dergisinde, Eğitim Hareketleri Dergisinde, Mülkiyeliler Birliği Dergisinde, Uşak Halk Eğitimi Dergisinde, Din Yolu Dergisinde (bu dergi ıoo sayı kadar çıktı ve hemen her sayısında bir veya daha fazla yazı yazdı) tarih, kültür, sosyal, ekonomik, din ve genel bilgi alanlarında türlü yazıları çıktı. Başka yazarların yazdığı beş altı kitaba önsöz yazdı. İran Şahlığının 2500. yılı dolayısıyla Millî Eğitim Bakanlığının 1971 yılında "Armağan" adıyla yayınladığı eserde ve aynı yıl, Ankara'daki İran kültür müsteşarlığının yayınladığı" İran 2500 yaşında" başlıklı hâtıra kitabında yazıları çıktı.
Prof. Çağatay'ın yanında yedi İranlı, bir Iraklı, bir Kıbrıslı, bir Yunan uyruklu, yedi Türk uyruklu olmak üzere 1 7 kişi doktora yaptı. N. Çağatay'ın yanında ayrıca ikiyüz öğrenci lisans tezi hazırladı. N. Çağatay 35 Doçentlik jürisine ve 18 Profesörlük komisyonuna katıldı, bunlar için rapor yazdı ve imtihan etti.
Prof. Çağatay, İslam Ansiklopedisine ve Türk Ansiklopedisine elli kadar madde yazdı. Türkiye Radyo ve Televizyonunda 10-15 kadar dînî-ahlâkî konuda konuşma yaptı. O, 1966-1967 ders yılında Columbia Üniversitesinde ders verdiği sıralarda New York Radyosunda türlü konularda sekiz konuşma yaptı.
İngilizce, Fransızca, Farsça, Arapça bilen N. Çağatay,'evli've dört çocuk babasıdır.
16 Mart 1992 - 21 Ocak 1993 tarihleri arasında Türk Tarih Kurumu'nda Başkan Vekili olarak görev yaptı.)
ODTÜ Tarih Bölümü ek görevli Öğretim Üyelerinden olan Çağatay, 17 Kasım 2000 tarihinde vefat etti.
Eserleri:
Basılmış Kitapları:
1 —İslam Öncesi Arap tarihi ve cahiliye çağı (4 kez basıldı .
2 — Bir Türk Kurumu Olan Ahilik (2 kez basıldı).
3 — Türkiye'de gerici eylemler (1933 den buyana).
4 — Yüz soruda İslam tarihi.
5 — Makaleler.
6 — Mezhepler Tarihi (İ.A. Çubukçu ile birlikte) (2 kez basıldı).
7 — Hz. Muhammed'in hayatı (İ. Hasan ile birlikte), arapçadan çeviri.
8 — İslam Milletleri ve devletleri tarihi (Fransızcadan çeviri (2 kez basıldı).
9 — Mustafa Nuri Paşa'nın "Netayic ül-Vukuat" adlı, kurumları ve örgütleri ile birlikte Osmanlı tarihini ağır ve ağdalı osmanlıcadan bugünkü dile sadeleştirip notlar ekleyip açıklamalar yaparak basıma hazırladı. Aslî dört cilt olan bu eseri, Türk Tarih Kurumu iki cilt halinde yayınladı.