Müezzinzade Ali Paşa Enderun'dan yetişti. Mirialem, Yeniçeri ağası ve Kaptan-ı Derya oldu. Kıbrıs'ın fethi sırasında Papa V. Pirus'un Hıristiyan alemini, Türklere karşı bir haçlı seferine çağırması üzerine, Don Juan idaresindeki haçlı donanması ile Müezzinzade Ali Paşa komutasındaki Türk donanması 7 Kasım 1571 yılında İnebahtı'da karşılaştı. Türk donanmasının yenildiği bu savaşta Müezzinzade Ali Paşa'nın da aralarında bulunduğu birçok kıymetli Türk denizcisi şehit oldu.