Sultan Birinci Mustafa 1592 yılında Manisa'da doğdu. Babası Sultan Üçüncü Mehmed, annesi Handan Sultan'dır. Sultan Birinci Mustafa güzel yüzlü, seyrek sakallı, sarı benizli ve iri gözlü bir padişahtı. İki defa padişahlık yaptı. Sinirli bir yapıya sahipti.
Sultan Birinci Mustafa, ağabeyi Sultan Birinci Ahmed'in padişahlığı süresince, 14 yıl sarayın bir odasında hapis hayatı yaşadı. O devirde bu gerekli görülüyordu. Aksi halde şehzadeler devlet yönetimine karışıyor, hatta padişahı devirmek için harekete bile geçebiliyor ve devlet birliği tehlikeye düşüyordu. Buna meydan vermemek için şehzadeler "izale" olunur veya bir odaya kapatılırdı.
Sultan Birinci Ahmed tahta geçtiğinde kardeşini öldürtmemiş, ancak sarayda mahbus tutulmuştur. Kafes hayatı denilen bu süre sonunda Sultan Birinci Mustafa, Osmanlı hanedanının en büyük erkek evladı olması dolayısıyla tahta çıkarılmış fakat kısa sürede dengesiz hareketleri görüldüğünden ulema, asker ve devlet erkanının ittifakı ile hal edilmiştir. Sultan Genç Osman'ın tahttan indirilip katlinden sonra bir kez daha cülus etmişse de 1,5 yıl sonra tekrar tahttan indirilmesi icab etmiştir.
Sultan Birinci Mustafa ile birlikte kardeş katli nadiren görülmüş, artık şehzadeler sarayda kafes ardında tahta geçecekleri günü beklemeye başlamışlardır. Tabii valide sultanlar, şehzade anaları arasında rekabetler başlamış, her biri bir vezire ve diğer gruplara dayanarak entrikalarla padişah değiştirmeye çalışmışlardır.
Sultan Birinci Mustafa, çok dindar bir insandı. Sadaka vermeyi çok severdi. Hatta sarayın havuzuna hizmetçilerin toplaması için para atardı. Saraydaki hayatını ibadet ederek, dini eserler okuyarak geçiriyordu. Tahta geçmesi için ikinci kez davet edildiği zaman, odasında Kuran-ı Kerim okuduğunu ve padişahlık istemediğini bildirmişti.
Sultan Genç Osman'ın öldürülmesini bahane eden sipahiler 22 Mayıs 1622 günü ayaklandılar. Abaza Paşa'nın ayaklandığı haberinin de İstanbul'a gelmesi üzerine Genç Osman faciasını bahane eden sipahiler ikinci kez ayaklandılar. Olayların bu şekilde gelişmesi üzerine, Sultan Genç Osman'ın katillerinden olan Cebecibaşı ve Kara Davut idam edildi.
Sultan Birinci Mustafa ikinci padişahlığının başlamasından 1.5 yıl sonra 10 Eylül 1623 tarihinde şeyhülislam fetvası ile tekrar tahttan indirildi. Fetvanın gerekçesi olarak da "Akli dengesi tam olmayan birisinin halife olamayacağı" gösterildi. Sultan Birinci Mustafa tahttan indirildikten 16 yıl sonra, 20 Ocak 1639 günü sinir hastalığından dolayı Topkapı Sarayında vefat etti.
