Mustafa Ayyıldız 15 Şubat 1933 yılında Marmaris’te doğmuştur. İlk öğretimini Marmaris Atatürk İlkokulunda 1945 yılında, Ortaokulu Muğla’da 1948 yılında ve 1951 yılında da Antalya Lisesi, Edebiyat kolundan PEKİYİ derece ile BİRİNCİLİKLE mezun olmuş ve aynı yıl Ankara Üniversitesi, Ziraat Fakültesine girerek 1955 yılı Haziran döneminde'İKİNCİLİKLE mezun olmuştur.
Ankara Üniversitesi Ziraat Fakültesi mezuniyetini takiben ilk olarak 30 Haziran 1955 tarihinde Topraksu Genel Müdürlüğü, Toprak ve Gübre Araştırma Enstitüsünde çalıştıktan sonra 23 Ağustos 1955 tarihinde Ankara Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Kültürteknik Kürsüsüne asistan olarak girmiştir. Bu tarihten sonra Kürsüsünün araştırma ve öğretim faaliyetlerine yardımcı olmuş ve 25 Haziran 1959 tarihinde' "Ankara Şartlarında Melez Mısırın Su İstihlaki Üzerinde Bir Araştırma" isimli çalışması ile "Doktor" ünvanını almıştır.
Doktor ünvanını aldıktan bir yıl sonra 1960 yılında Amerika Birleşik Devletleri, California Üniversitesine giden Ayyıldız, Davis kampusunda bir buçuk yıl müddetle Sulama ve Drenaj Departmanında mesleki incelemelerde ve araştırmalarda bulunduktan sonra 1962 yılında Riverside, Tuzluluk laboratuarında 6 ay müddetle kurslara devam etmiş ve Türkiye’den getirttiği problemli toprakların ıslahı üzerinde bir araştırma yapmış ve 1962 yılında dönerek Fakültedeki görevine devam etmiştir.
30 Mart 1964 tarihinde askerlik görevini yapmak üzere görevinden ayrılmış ve muhabere yedek subayı olarak Erzurum 3.Ordu karargahında tercüman olarak askerlik görevini hem de Atatürk Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Kültürteknük kürsüsünde Ziraat Mühendisliği 51 dersini vermiş ve 30 Mart 1966 tarihinde iki yıllık askerlik görevini tamamlayarak tekrar Ankara Üniversitesi, Ziraat Fakültesindeki görevine dönmüştür.
1964 yılında hazırladığı "Sulama' Zamanının Yerli Yapı Tansiyometrelerle Tayini Üzerinde Bir Araştırma" isimli çalışması ile Kültürteknik Dalında 6 Kasım l964 tarihinde ‘’Doçent’’ ünvanını almıştır.
1968 yılında Federal Almanya’nın Kiel Üniversitesi, Sulama ve Islah Enstitüsünde incelemelerde bulunmuş, seminerler vermiş ve bir araştırma yapmıştır.
1971 yılında "Ankara İli Sulu Ziraat Arazilerinde Kullanılan Sulama Sularının Kaliteleri Üzerinde Bir Araştırma" isimli çalışması ile aynı bölümde 3 Kasım 1971 tarihinde Profesörlüğe yükseltilmiştir.
Prof. Dr. Mustafa Ayyıldız, yurt içinde su kaynaklarının geliştirilmesi ile ilgili birçok projede görev almış, yurt dışında da başta Amerika Birleşik Devletleri, Federal Almanya, Belçika, Hollanda olmak üzere birçok ülkede bilimsel incelemelerde bulunmuştur.
Sulama, Bitki Su Tüketimi, Sulama Suyu Kalitesi, Tuzlu-Sodyumlu Toprakların Islahı, Ölçme Bilgisi ve Hidrolik konularında' sekizi ders kitabı olmak üzere yüzün üzerinde yayını bulunan Prof.Dr. Mustafa Ayyıldız, Ankara Üniversitesi,Ziraat Fakültesi, Kültürteknik Bölümü öğretim üyeliği yanında aşağıda belirtilen görevlerde de bulunmuştur.
- Ege Üniversitesi, Ziraat Fakültesinde öğretim yardımcısı,
- Atatürk Üniversitesi,Z iraat Fakültesi,Kültürteknik Kürsüsü öğretim üyeliği,
- 19 Mayıs Üniversitesi, Samsun Ziraat Fakültesğ öğretim üyeliği,
- Konya Devlet Mühendislik ve Mimarlık Akademisi, İnşaat Mühendisliği öğretim üyeliği,
- Üniversitelerarası Seçme ve Yerleştirme Merkezi, Ankara İl Başkanı,
- TÜBİTAK, Tarım ve Orman Araştırma Grubu danışmanlığı,
- Ziraat Mühendisleri Odası yönetim kurulu üyeliği,
- Milli Eğitim Bakanlığı, yurt dışına gönderilecek adayların seçim komisyon üyeliği,
- Türkiye Çevre Sorunları Vakfı danışma kurulu üyeliği,
- Ankara Üniversitesi, Ziraat Fakültesi yönetim kurulu üyeliği,
- Ankara Üniversitesi, Ziraat Fakültesi,Kültürteknik Bölüm başkanı,
- Ankara Üniversitesi ,Senatosunda Ziraat Fakültesi senatörü.
1987 yılında isteği ile emekli olarak memleketi olan Marmaris’e yerleşmiş olan Prof.Dr. Mustafa Ayyıldız, 19 Eylül 1956 yılında Dr. Mualla Ayyıldız ile evli olup biri kız ikisi erkek olmak üzere üç çocuğu ile dört kız torun sahibi bulunmaktadır.
