Geleneklere ve dine bağlı bir aileden gelen Mualla Eyüboğlu, 1919 Yılında Erzurum Aziziye'de doğdu. 1942'de Güzel Sanatlar Akademisi Mimari Bölümü'nden mezun oldu. Ressam ve şair Bedri Rahmi Eyüboğlu ile yazar Sabahattin Eyüboğlu'nun kız kardeşi de olan Eyüboğlu,' Türkiye’nin ilk kadın mimarlarındandı. Alman Türkolog,' tarih araştırmacısı Dr. Robert Anhegger ile evliydi.
1940 yılında 3803 sayılı yasa ile ilkokul öğretmeni yetiştirmek üzere açılmış olan Köy Enstitüleri projesinde ağabeyi Sabahattin Eyüboğlu ve İsmail Hakkı Tonguç başta olmak üzere öncü isimlerle birlikte, mimar, inşaat sorumlusu, öğretmen olarak çalıştı. 1947 yılında, Ortaklar Köy Enstitüsü'nde çalışırken zehirli sıtmaya yakalanıp İstanbul'a dönünceye kadar 5 yıl, hem Hasanoğlan Yüksek Köy Enstitüsü'nde çalışıp hem de Anadolu'nun dört bir bucağındaki 21 köy enstitüsünün kuruluşuna katıldı.
1947 yılından itibaren mesleki hayatı boyunca arkeolojik kazılarda, koruma kurullarında, tarihi anıtların onarımlarını yürüten Eyüboğlu, başta Rumelihisarı ve Topkapı Sarayı Harem Dairesi olmak üzere çok sayıda tarihi eserin restorasyonunu yaptı. 2008 Yılında Mimarlığa Katkı Dalı ‘Seçici Kurul Özel Ödülü” verildi.
2001 yılında eşi Robert Anhegeer vefat etti. Mualla Eyüboğlu Anhegeer, kalp yetmezliği nedeniyle 16 Ağustos 2009 Pazar günü İstanbul’da vefat etti.
Kalp yetmezliği nedeniyle 90 yaşında hayatını kaybeden Eyüboğlu için 18 Ağustos günü Teşvikiye Camisi'nde tören düzenlendi.
Ressam ve şair Bedri Rahmi Eyüboğlu ile yazar Sabahattin Eyüboğlu'nun kız kardeşi de olan Eyüboğlu'nun cenaze törenine, Eyüpoğlu'nun diğer kardeşi Mustafa Eyüboğlu, yakınları, Topkapı Sarayı Müze Başkanı Prof. Dr. İlber Ortaylı ile çok sayıda akademisyen katıldı.
Eyüboğlu'nun cenazesi, burada öğle vakti kılınan cenaze namazının ardından Topkapı Merkezefendi Mezarlığı'na defnedildi.
