01.02.1967 yılında Adıyaman’da doğan Mahmut Çalışkan, memur olan babasının görevlerinden dolayı ilk ve ortaöğrenimini Anadolu’nun değişik okullarında yürütmüştür. Derece ile bitirdiği ortaöğrenimden sonra girdiği sınav ile Ankara Yenişehir Sağlık Kolejini yatılı kazanmıştır. 4 yıllık olan bu okuldan 1986 yılında derece ile mezun olmuştur ve aynı yıl Ankara Numune Hastanesinde Radyoloji Teknisyeni olarak göreve başlamıştır.
Mahmut Çalışkan mezuniyet sonrası girdiği üniversite sınavında ODTÜ Felsefe bölümünü kazanmıştır fakat bir yıl devam ettikten sonra tekrar sınava girerek asıl ilgi alanı olan ODTÜ biyoloji bölümünü kazanmıştır. ODTÜ biyoloji bölümüne devam ederken aynı zamanda tayin olduğu Ankara Trafik hastanesinde bilgisayarlı beyin tomografisinde eğitimini aksatmamak için geceleri çalışmaya devam etmiştir.
1992 yılında bölümünü derece ile bitirdikten sonra aynı yıl girdiği araştırma görevliliği sınavını kazanarak akademik çalışma hayatına ODTÜ biyoloji bölümünde başlamıştır. Mahmut Çalışkan yüksek lisans çalışmasına ODTÜ Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji ABD’da 1992 yılında başlamış fakat 1993 yılında girdiği YÖK sınavını kazanarak yurtdışında doktora yapma hakkı kazanınca, aynı yıl İngiltere Leeds Üniversitesi Genetik Departmanında doktora çalışmalarına başlamıştır. Buradan 1997 yılında doktora derecesi ile mezun olduktan sonra, aynı bölümde bir süre lisans ve yüksek lisans öğrencilerinin yetişmesi için post-doc olarak bulunmuştur.
1998 yılında yurda dönünce Mustafa kemal Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesinde Yard. Doç. Dr. olarak çalışmaya başlamıştır. Daha sonra 2000 yılında genel biyoloji genetik bilim dalında girdiği sınavla doçent unvanını kazanmıştır.
Mahmut Çalışkan 1992 yılından bu yana gerek araştırma görevlisi olarak ve gerekse öğretim üyesi olarak pek çok derse girmiştir. Yurda döndükten sonra MKÜ Fen-Edebiyat Fakültesi Biyoloji Bölümü Moleküler Biyoloji laboratuarını oluşturmuş ve buradan lisans ve yüksek lisans çalışmalarının yapılmasına olanak sağlamıştır.
Mahmut Çalışkan 2002 ve 2004 yıllarında yaz aylarında araştırmalar için yurtdışında bulunmuştur. Bunlardan ilki yurtdışı üniversitenin desteği ile diğeri ise NATO bursu ile gerçekleşmiştir. 2006 yılında Moleküler Biyoloji anabilim dalında profesör olan Prof. Dr. Mahmut Çalışkan, Fen-Edebiyat Fakültesi Dekan Yardımcılığı (1999-2002) ve Moleküler Biyoloji ABD Başkanlığı (1998-devam ediyor) gibi idari görevler de yürütmüştür.
