Reşit Emre Kongar, 13 Ekim 1941'de İstanbul'da doğdu. İlk, orta ve lise eğitimini Şişli Terakki Lisesinde gören Emre Kongar, 1958-1959 öğretim yılında mezun oldu. 1963 yılında Siyasal Bilgiler Fakültesi Maliye ve İktisat Bölümü'nü bitirdi. 1964 yılında Birleşmiş Milletler bursu ile Sosyal Bilimler eğitimi için Birleşik Amerika'ya gitti. 1966 yılında Michigan Üniversitesi, Sosyal Çalışma Yüksek Okulu'ndan master ünvanı ile mezun oldu. Aynı yıl Türkiye'ye döndü. Hacettepe Üniversitesi'ne öğretim görevlisi olarak girdi. Bu görevi sırasında 2 yıl süre ile Nüfus Etüdleri Enstitüsü'nde de uzmanlık yaptı.
1968 yılında üniversite bünyesinde Sosyal Çalışma Yüksek Okulu'nu kurdu ve buraya müdür olarak atandı. 1969 yılında sosyal bilimler alanında "İzmir'de Kentsel Aile" adlı tezi ile doktor oldu. 1972-1974 yılları arasında askerlik görevini yaptı. 1974 yılında Hacettepe Üniversitesi Ekonomi Bölümü'ne öğretim görevlisi olarak geri döndü.
1976 yılında "Toplumsal Değişme Kuramları" konusundaki tezi ile üniversite doçenti oldu. Aynı yıl Sosyal Çalışma ve Sosyal Hizmetler Bölümü'ne eylemli doçent olarak atandı ve Bölüm Başkanlığı'na seçildi. 1978 yılında Bölüm Başkanlığı'ndan ayrıldı. 1976-1979 yılları arasında, Hacettepe Üniversitesi adına Turizm ve Tanıtma Bakanlığı Turizm Planlaması Genel Müdürlüğü'nde danışmanlık görevi yaptı. İkinci, Üçüncü ve Dördüncü Beş Yıllık Planların hazırlanmasında çeşitli ihtisas komisyonlarında çalıştı.
1978-1979 yıllarında Kültür Bakanlığında Kültür Yüksek Kurulu üyesi olarak hizmet etti. Aynı yıl Gençlik ve Spor Bakanlığında "Toplumsal Kalkınmada Gençlik" projesini hazırladı ve uygulamada yardımcı oldu. Bu yıllarda Milli Eğitim Bakanı'na da özel danışmanlık yaptı. 1978-1981 yılları arasında Dil ve Tarih Coğrafya Fakültesi'nde tiyatro kürsüsünde "Sanat Sosyolojisi" dersleri verdi.
1981 yılı Temmuz ayında "Atatürk ve Devrim Kuramları" adlı takdim tezi ile Hacettepe Üniversitesi Senatosunca Profesörlüğe yükseltildi.1983 yılına kadar Sosyal Çalışma ve Sosyal Hizmetler Bölümü ile Ekonomi Bölümü'nde öğretim üyeliğini sürdürdü. Birleşik Amerika'da yayımlanan American Journal of Political and Military Sociology adlı dergi ile yine aynı ülkede yayımlanan International Journal of Sociology of Family adlı dergilerin yazı kurullarında görev yaptı.
15 Şubat 1983 tarihinde askeri rejimin üniversite konusundaki uygulamalarını protesto etmek için, üniversiteden istifa etti. 1 Mayıs 1983-31 Temmuz 1987 tarihleri arasında Hürriyet Gazetesi'nde danışmanlık yaptı.
28 Eylül 1987 tarihinde KAMAR, Kamuoyu Araştırma Anonim Şirketi'ni kurdu. 1987 seçimlerini en az sapma ile önceden bilen araştırma dahil, seçim öncesi ölçümlerini ve kamuoyu araştırmalarını Hürriyet Gazetesi'nde yayımladı. 31 Aralık 1991 tarihinde KAMAR'dan ayrıldı.
15 Ocak 1992 - 15 Mart 1992 tarihleri arası TÜSES'in genel sekreterliği ile birlikte vakıf müdürlüğünü de yürüttü. Nisan 1992'de Kültür Bakanlığı Müsteşarlığı'na atandı. Kasım 1995'de Müsteşarlık görevinden ayrıldı.
15 Ocak 1996'da Federal Almanya Devleti tarafından Üstün Hizmet Madalyası Büyük Liyakat Haçı ile, 1 Şubat 1996'da İtalya Devleti Commandatore Madalyası ile, 15 Şubat 1996'da da Polonya Devleti Commandor nişanı ile ödüllendirildi. 24 Nisan 1996 tarihinde Hacettepe Üniversitesi Sosyoloji Bölümü'ne Profesör olarak geri döndü. Şubat 1997'de Yıldız Teknik Üniversitesi İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi öğretim üyeliğine atandı. 1997-2000 yılları arasında İstanbul Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi'nde saat başı görevli hocalık yaptı.
Temmuz 2000'de devletten emekli oldu. 1 Eylül 2001 tarihinde Cumhuriyet Gazetesi Yayın Kurulu Danışmanı oldu. Halen Yıldız Teknik Üniversitesi'nde saat başı görevli ve Müjdat Gezen Sanat Merkezi'nde de fahri olarak hocalık yapmaktadır.
Türkiye'nin Toplumsal Yapısı adlı kitabı ile 1977 yılında Türk Dil Kurumu Bilim Ödülü'nü, Toplumsal Değişme Kuramları ve Türkiye Gerçeği adlı kitabı ile 1979 yılında Sedat Simavi Vakfı Sosyal Bilim Ödülü'nü, 21. Yüzyılda Türkiye adlı kitabı ile 1998 Aydın Doğan Sosyal ve Beşeri Bilimler Ödülü'nü kazandı. 1998 yılında Nokta Dergisi tarafından Sosyal Bilimler alanında "Doruktakiler" ödülüne layık görüldü. Aynı yıl İstanbul Üniversitesi İletişim Fakültesi tarafından verilen "Yılın İletişimcisi" ödülünü Sosyal Bilimler alanında kazandı. 2001 yılında Kızlarıma Mektuplar adlı kitabı ile Marmara Üniversitesi İletişim Fakültesi'nin "Zirvedekiler 2001; En Beğenilen Kitap" ödülünü aldı.
Sosyal bilimler ve kültür alanında yirmiden fazla kitabı, bilimsel ve deneme türü yüzü aşkın makalesi vardır. Bilimsel çalışmalarının ve deneme kitaplarının yanında, 1990 yılının en çok satan kitapları arasına giren "Hocaefendi'nin Sandukası" adlı bir de roman yazmıştır. Müsteşarlık dönemi anılarını da "Ben Müsteşarken" adı ile kitaplaştırmıştır. "21.Yüzyılda Türkiye" adlı incelemesi ve "Kızlarıma Mektuplar" adlı eseri en çok satan kitaplar arasında yer almıştır.
Evli ve üç çocukludur.