15 Mayıs 1940 tarihinde Trabzon Maçka'da doğdu. 1960 yılında Kara Harp Okulu'nu tamamlayan Çetin Doğan, 1961'de Topçu Okulu'nu bitirdi. Doğan 1987 yılında Tuğgeneral rütbesine yükseldi. Ardından; Genelkurmay Komuta Kontrol Daire Başkanlığı, 1. Zırhlı Tugay Komutanlığı, Genelkurmay Plan Harekat Daire Başkanlığı, 4. Kolordu Komutan Yardımcılığı, 1. Mekanize Tümen Komutanlığı, Genelkurmay Harekat Başkanlığı ve Jandarma Asayiş Komutanlığı görevlerini icra etti.
1999'da Orgeneralliğe terfi eden Doğan, Ege Ordu Komutanlığı'nın başına geçti. 2004 yılında 1. Ordu Komutanı iken emekli oldu.
28 Şubat sürecinde adı fişlemeler ile anılan Batı Çalışma Grubu'nun başkanlığını yapmıştır. Kendisinin imzası olan 16 Nisan 1997 tarihli ve bütün askerî birimlere gönderilen bir BÇG belgesinde, laiklik aleyhtarı faaliyetlerin arttığı vurgulanarak camilerin gözetim altına alınması emrediliyordu. Plana göre görevli askerî personel camilere gidecek ve laiklik karşıtı fiil ve sözleri ivedilikle garnizon komutanlıklarına bildirecekti.
Doğan, TSK'dan emekli olduktan sonra döenmin Cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer tarafından Ahmet Yesevi Üniversitesi mütevelli heyeti başkanlığına atandı. 11. Cumhurbaşkanı Abdullah Gül tarafından görevden alındı.
Balyoz davası
Taraf gazetesi tarafından 2003 yılında 1. Ordu Komutanı iken Balyoz Darbe planı iddialarına sebep olan dosyaları hazırladığı iddia edilmiştir. Çetin Doğan bu haberler üzerine yaptığı açıklamada suçlamaları reddetti ve söz konusu planın bir darbe planı değil bir harp oyunu senaryosu olduğunu iddia etti.
Özel yetkili İstanbul Cumhuriyet savcıları yaklaşık bir aylık incelemeden sonra 22 Şubat 2010 günü aralarında Çetin Doğan'ın da bulunduğu 49 askeri gözaltına aldı. 6 Şubat 2010'da mahkeme kararıyla tutuklandı ve ertesi gün Silivri Cezaevi'ne konuldu. Daha sonra serbest bırakıldı.
