1940 yılında İstanbul'da doğdu.
1953 yılında Ankara Devlet Konservatuarı'nın bale bölümüne girdi. 1958 yılında Devlet Tiyatroları sanatçı kadrosuna girdi. Sinema'ya 1965'de Taçsız Kral adlı filmle başladı. Ancak daha sonra sinemadan daha çok tiyatroya önem verdi. Yedi Kocalı Hürmüz adlı müzikalde Hürmüz rolü ile başrolde oynadı.
1988'de Devlet Sanatçısı olan Ayten Gökçer, pek çok ödül kazandı. 1999 yılında Yılan Hikayesi adlı dizi ile televizyon dizilerinde oynamaya başladı. Ayten Gökçer, sanatçı Cüneyt Gökçer ile evlidir.
Ödülleri'
1966 - 1967 Sanat Sevenler Derneği Yılın En İyi Kadın Oyuncusu ödülü
1970 - 1971 Sanat Sevenler Derneği Yılın En İyi Kadın Oyuncusu ödülü
1974 Gazeteciler Derneği En İyi Sanatçı ödülü
1975 Gazeteciler Derneği En İyi Kadın Sanatçı ödülü
1976 Tercüman gazetesi okuyucu oyları ile Yılın Sanatçısı ödülü
1982 Ses Mecmuası Yılın En İyi Kadın sanatçısı ödülü
1989 Türk Basın Birliği'nin Yılın En Başarılı Kadın Sanatçısı ödülü
1990 Türk Basın Birliği'nin Yılın En Başarılı Kadın Sanatçısı ödülü
1992 Kültür Bakanlığı Büyük Ödülü
1997 Türk İş Kadınları derneği En İyi Sanatçı ödülü
1998 CHP Gençlik Kolları En İyi Sanatçı ödülü.
Görev Aldığı Oyunlar
Zülfiye Zülfü, Yılın Kadını, Ustalar Sınıfı. Sanatçı ayrıca 1999 sezonunda Balerin adlı oyunu sahneye koydu.
Filmleri
1965 Taçsız Kral
1967 501 Numaralı Hücre
1967 İçli Kız Funda
1972 Damdaki Kemancı
1973 Anneler Günü
1980 Yedi Kocalı Hürmüz
1980 IV. Murat
1981 Bağdat Hatun
1988 Önce Canan
1991 Elif Ana
1999 Yılan Hikayesi (TV Dizisi)
2003 Patron Kim (TV Dizisi)
2005 Çat Kapı (TV Dizisi)