1878 yılında Afyon'da doğdu. Harp Okulu'nu bitirdiği sıralar Balkanlar'da sürekli çete savaşları alıp yürümüştü. Onun için, Çetinkaya'nın ilk görevi Arnavutluk sınırında karakol komutanlığı oldu. Bunu, çeşitli cephelerdeki görevler izledi. 1911'de Derne'de Mustafa Kemal ile birlikte İtalyanlar'a karşı çarpıştı. Daha Trablusgarp'taki savaş bitmeden Irak Cephesi'ne gönderildi. Ardından Kafkasya Cephesi'nde ateş hattına gitti. Çok geçmeden tekrar Makedonya'da görevlendirildi. Bu sıralar rütbesi yarbaylığa yükseldi. Yunan ordusunun İzmir'e çıktığı günlerde ise Ayvalık Cephesi'nde bulunuyordu. Orada düşmana ilk kurşunu atan Çetinkaya'nın askerleri oldu ve Yunan birlikleri bölgeden çekilmek zorunda kaldı.
Ali Çetinkaya'nın siyaset hayatı, İttihat ve Terraki Cemiyeti'ne girişi ile başlar. Kurtuluş Savaşı'nın başlarında Meclisi Mebusan'a seçilen subaylar arasında Çetinkaya da vardı. Fakat bu deneme kısa sürdü ve Malta sürgünleri listesinde Türkiye'den uzaklaştırıldı. Dönüşünde yine Meclis'e girdi ve Müdafaa-i Hukuk Grubu yönetim kurulunda görev aldı. 1934'te Bayındırlık Bakanı oldu. Ankara'daki resmi dairelerin çoğu, Çetinkaya'nın beş yıl süren bakanlığı sırasında yapıldı. 1939-1940 yıllarında bir süre de Ulaştırma Bakanlığı yaptı. 1949 yılında İstanbul'da öldü.
