25.02.1963’te Bolu’nun Gerede İlçesinde doğdu. İlköğrenimini Ankara’da İhsan Sungu İlkokulunda tamamladı. 1982 yılında Ankara İmam-Hatip Lisesinden mezun oldu. Aynı yıl Diyanet İşleri Başkanlığı emrinde imam-hatip olarak görev aldı. Üniversite tahsiline başlayınca bu görevinden ayrıldı. 1987 yılında Ankara Üniversitesi İlahiyat Fakültesini bitirdi. Aynı yıl Ankara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi Hadis Anabilim Dalında Yüksek Lisans öğrenimine başladı.
1988 yılında Milli Eğitim Bakanlığı yurt dışı sınavını kazanarak bir yıl süre ile Kahire Üniversitesinde inceleme ve araştırmalarda bulundu. 1989 yılında “Zahid el-Kevseri, Hayatı, Eserleri, Fikirleri ve Hadisçiliği” başlıklı tezi ile Yüksek Lisansını tamamladı ve doktora çalışmasına başladı. Bir müddet Vakıflar Genel Müdürlüğü Kültür ve Tescil Subesinde mütercim olarak çalıştı (1990). 1991 yılında Ankara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi Hadis Anabilim Dalında Araştırma Görevlisi olarak göreve başladı. 1994 yılında askerlik görevini yaptı. 1995’te “Fıkhî Hadisler ve Değerlendirilmesindeki Esaslar” adlı teziyle Hadis Doktoru oldu. 1996-1998 yıllarında Kırgızistan Osh İlahiyat Fakültesinin Türkiye’de öğrenim gören talebelerine “Hadis Usûlü” ve “Hadis Tarihi” dersleri verdi. 1997-1998 yıllarında inceleme ve araştırmalar yapmak üzere İngiltere’de bulundu.
26.11.1999’da Hadis Doçenti oldu. 2006 yılında Profesör oldu. 2002-2007 yıllarında Hacettepe Üniversitesi Eğitim Fakültesinde misafir öğretim üyesi olarak dersler verdi, halen de vermektedir. 20-24 Eylül 2004’te gerçekleştirilen III. Din Şûrası’na üye olarak katıldı. 2005-2007 yılları arasında Milli Eğitim Bakanlığı Din Öğretimi Genel Müdürlüğünde müfredat çalışmalarında görev aldı. 2004-2007 yıllarında Türkiye Diyanet Vakfı Yayın Kurulu Sekreterliği görevini yürüttü. Diyanet İşleri Başkanlığı Din Eğitimi Dairesince yürütülen Kur’an Kursları, Hizmet İçi Eğitim Kursları ve İhtisas Kursları program çalışmalarına katkı yaptı. Kuruluşundan itibaren islâmiyât dergisi yayın kurulu üyeliği yaptı; 2006’dan bu yana aynı derginin Genel Yayın Yönetmenliğini yürüttü. Ankara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi Fakülte Kurulu ve Yönetim Kurulu üyelikleri yaptı. Hâlen Ankara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi öğretim üyesi olarak lisans, yüksek lisans ve doktora dersleri vermektedir.
Basılmış altı eseri ile yurt içi ve yurt dışı bilimsel dergilerde yayımlanan pek çok makalesi bulunan Prof. Dr. Mehmet Emin Özafşar, 23.10.2007’de Diyanet İşleri Başkan Yardımcılığı görevine atandı. Bu görevi yürütürken Başkanlığın 6002 sayılı kanunla yeniden yapılanmasıyla tekrar Diyanet İşleri Başkan Yardımcılığına atanan Özafşar, evli ve üç çocuk babası olup İngilizce ve Arapça bilmektedir.
Yayınlanmış Bazı Kitap ve Makaleleri:
1. Hadis ve Kültür Yazıları, (Kitâbiyât yay., Ankara-2004, s. 183.)
2. Hadisi Yeniden Düşünmek, Fikhî Hadisler Bağlamında Bir İnceleme (Ankara Okulu Yay. II. Bsk., Ankara-2000, s. 375.)
3. İdeolojik Hadisçiliğin Tarihi Arka Planı, (Ankara Okulu Yay. Ankara-1999, s. 175.)
4. Oryantalist Yaklaşıma İtirazlar, Bir Sünnet Savunusu ya da Sünnet’e İçerden Bakış, Araştırma Yay. Ankara-1999, s. 143.)
5. Sünnet’in Neliği Sorununa Metodik Bir Yaklaşım, Malik’in Muvatta’ı Özelinde, (M. Yusuf Guraya, Ankara Okulu Yay. Ankara-1999, s. 149.[İngilizce’den Çeviri])
6. Sünnet Müdafası, I-II, (Ebu Şehbe, Ankara-1990) (Arapça’dan müşterek çeviri.)
7. ‘Rivâyet İlimlerinde Eser Karizması ve Müslim’in el-Câmiu’s-Sahîh’i’, (A.Ü. Ilahiyat Fakültesi Dergisi, XXXIX (1999) s. 287-356.)
8. ‘Hadis’in Neliği Sorunu ve Akademik Hadisçilik’, (İslâmiyât, c. III, sayı 1 (2000) s. 33-53.)
9. ‘‘Kültür Tarihimizde Re’y Eser Çatışması, Dini, Psikolojik, Sosyo-kültürel Temelleri’, A.Ü.İlahiyat Fakültesi Dergisi, XLI (2000.)
10. ‘Hadisçilerin Peygamber Tasavvuru/Anlayışı’, (Diyanet İlmi Dergi (özel sayı) Ankara-2000, s. 307-330.)
11. ‘Hadis Tarihinde Kadın Gerçeği Üzerine’, (İslâmi Araştırmalar, XIII (2000) sayı 2, s. 189-202.)
12. ‘Hadis İlminde Alan Evrilmesi’, (İslâmiyât, 6 (2003) sayı 4, s. 105-120.)
13. ‘Osmanlı Eğitim, Kültür ve Sanat Hayatında Hadis’, Türkler Ansiklopedisi, XI (2002), s. 356-369).
14. ‘Three Stages in the History of Science of Hadith’, (Muslim Education Quarterley, Volume 22 (2006) no. 2.)
